Domperidon được hấp thu ở đường tiêu hóa, nhưng có sinh khả dụng đường uống thấp (khoảng 14% lúc đói) do chuyển hóa bước đầu qua gan và chuyển hóa ở ruột. Sinh khả dụng sau khi uống tăng lên rõ rệt nếu uống thuốc 90 phút sau khi ăn, nhưng thời gian để đạt nồng độ đỉnh trong huyết tương chậm lại. Sinh khả dụng đường uống tăng tỷ lệ thuận với liều từ 10 đến 60 mg.
Thuốc gắn vào protein huyết tương 92 – 93%, chuyển hóa rất nhanh và nhiều nhờ quá trình hydroxyl hóa và khử N-alkyl oxy hóa. Domperidon hầu như không qua hàng rào máu não.
Nửa đời thải trừ ở người khỏe mạnh khoảng 7,5 giờ, kéo dài ở người suy thận. Domperidon đào thải theo phân và nước tiểu, chủ yếu dưới dạng các chất chuyển hóa: 30% liều uống đào thải theo nước tiểu trong 24 giờ (0,4% là dạng không đổi); 66% đào thải theo phân trong vòng 4 ngày (10% là dạng không đổi).