Phụ nữ có thai: Chưa có các nghiên cứu đầy đủ và có kiểm soát pantoprazole trên phụ nữ mang thai. Các nghiên cứu trên động vật cho thấy thuốc có gây độc tính sinh sản. Chưa biết các nguy cơ trên người. Pantoprazole không nên dùng trong thời kỳ mang thai ngoài trừ trường hợp thật cần thiết.
Phụ nữ cho con bú: Thuốc được phân bố trong sữa mẹ, ngưng cho con bú hoặc ngưng dùng thuốc do các nguy cơ tiềm ẩn cho trẻ bú mẹ.