Rabeprazol ức chế sự bài tiết acid của dạ dày nên có thể xảy ra sự tương tác với các thuốc có độ hấp thu phụ thuộc vào độ pH.
Rabeprazol không tương tác với các thuốc kháng acid dạng lỏng.
Sử dụng đồng thời rabeprazol với ketoconazol hoặc itraconazol có thể làm giảm nồng độ thuốc kháng nấm trong huyết tương.
Rabeprazol ức chế sự chuyển hóa của cyclosporin khi dùng kết hợp.
Sử dụng đồng thời rabeprazol và warfarin làm tăng INR và thời gian prothrombin, có thể dẫn đến chảy máu bất thường và tử vong.
Không nên sử dụng đồng thời với atazanavir.