Tỷ lệ tác dụng ngoại ý nói chung tương đương giả dược. Hạ đường huyết được quan sát nhiều nhất sau khi điều trị kết hợp 3 thuốc linagliptin, metformin và sulphonylurea. Các tác dụng ngoại ý khác: ho, viêm mũi họng, quá mẫn, tăng lipid máu, tăng cân, táo bón, viêm tuỵ.