การวินิจฉัยแยกโรค
แม้ว่า GIST จะเป็นเนื้องอกมีเซนไคม์ของทางเดินอาหารที่พบบ่อยที่สุด แต่ควรวินิจฉัยแยกโรคจากเนื้องอกที่ไม่ใช่เซลล์บุผิว (non-epithelial neoplasms), ไลโอไมโอมา (leiomyoma), ไลโอไมโอซาร์โคมา (leiomyosarcoma), ชวานโนมา (schwannomas) และมะเร็งอื่น ๆ ของระบบทางเดินอาหารด้วย